Cuando ya tenemos dicha app entonces nos vamos a una consola y ejecutamos el siguiente comando:
mencoder -oac mp3lame -srate 22050 -ovc lavc -lavcopts vcodec=mjpeg -vf scale=585:389 archivo.mov -o video_nuevo.avi
Donde:
- scale nos indica las dimesiones del video (585 de alto por 389 de ancho).
- archivo.mov es el nombre del archivo original .mov.
- video_nuevo.avi es el nombre del archivo codificado en .avi
Fuente: http://www.ubuntu-es.org/index.php?q=node/52398